电子汇票功能主要体现在提供与电子商业汇票货币给付、资金清算行为相关服务并提供纸质商业汇票登记、查询和商业汇票（含纸质、电子商业汇票）公开报价服务的综合性业务。
身份认证管理功能：电子商业汇票系统应具备识别接入点银行身份的功能，以确保银行业金融机构（以下简称商业银行）行内系统与电子商业汇票系统之间各类业务活动的不可否认性、数据完整性及传输保密性，以接入点银行准入、退出管理规则为依据，以接入点数字证书的新增、变更、废止为手段，包括依据规定受理接入点银行申请，进行接入点信息维护等具体事项。
数据信息交换功能：通过电子商业汇票系统与商业银行行内系统及其它相关系统的连接，以电子商业汇票系统作为数据信息接收验证、登记存储、发送或转发“中介”，实现电子商业汇票业务、纸质商业汇票登记查询业务和商业汇票公开报价业务的数据信息在不同商业银行之间的“互联互通”，实现电子商业汇票资金清算数据在本系统与支付系统之间传递。
登记存储功能：电子商业汇票系统能对每一笔电子商业汇票的票据行为、融资行为、结算行为和纸质商业汇票票面内容及流转过程等信息进行登记，并在数据库中存储。
电子商业汇票系统，通过该模块可为各行客户签发的电子商业汇票实行集中登记存储，并提供互联互通的流通转让平台，实现电子商业汇票各项业务流程的电子化。