主要截留含虫卵较多的粪便，粪便经发酵分解，松散的粪块因发酵膨胀而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的粪皮、中层的粪液和下沉的粪渣。利用寄生虫的比重大于粪尿混合液的原理使其自然沉降于化粪池底部。利用粪液的浸泡和翻动化解粪块使其液化并截留粪渣于池底。厌氧发酵：化粪池的密闭厌氧环境，可以分解蛋白性有机物，并产生氨等物质，这些物质具有杀灭寄生虫卵及病菌的作用。
作业标准
1、化粪池内清理的粪便污水、污渍清运并妥善处理。
2、确保服务范围内所有化粪池粪便污水不外溢。
3、如出现化粪池污水外溢等异常情况，接到通知后须在8小时内到达处理。
4、在清理化粪池的过程中，应当采取相应的防范措施。
作业前工作准备
1、制订合理的工作安排和合理的工期。
2、检查防护工具，检查设备，检查车辆工作能力，水电是否可供应。
3、将准备施工的化粪池提前2-4小时打开用轴流风机进行通风，并且在周围做好防护警戒线和专人看守（防止行人车辆掉入池里造成事故）。
新鲜粪便由进粪口进入池，池内粪便开始发酵分解、因比重不同粪液可自然分为三层，上层为糊状粪皮，下层为块状或颗状粪渣，中层为比较澄清的粪液。在上层粪皮和下层粪渣中含和寄生虫卵多，中层含虫卵少，初步发酵的中层粪液经过粪管溢流至第二池，而将大部分未经充分发酵的粪皮和粪渣阻留在池内继续发酵。流入第二他的粪液进一步发酵分解，虫卵继续下沉，病原体逐渐死亡，粪液得到进一步无害化，产生的粪皮和粪厚度比池显著减少。流人第三他的粪液一般已经腐熟，其中病菌和寄生虫卵已基本杀灭。第三池功能主要起储存已基本无害化的粪液作用。