石油天然气司（国家石油储备办公室）
拟订油气开发、炼油发展规划、计划和政策并组织实施，承担石油天然气体制改革有关工作，承担国家石油、天然气储备管理工作，监督管理商业石油、天然气储备。
新能源和可再生能源司。
指导协调新能源、可再生能源和农村能源发展，组织拟订新能源、水能、生物质能和其他可再生能源发展规划、计划和政策并组织实施。
电力监管司
组织拟订除核外的电力运行、电力建设工程施工、工程质量监督管理办法的政策措施并监督实施，承担电力生产监督管理、可靠性管理和电力应急工作，负责水电站大坝的监督管理，依法组织或参与电力生产事故调查处理。
国际合作司
组织推进能源国际交流与合作，按分工承担同外国能源主管部门和国际能源组织谈判并签订协议有关工作，拟订能源对外开放战略、规划及政策，协调境外能源开发利用。
国家电监会
国家电力监管委员会前身可以追溯到1955年设立的电力工业部。
1988年电力管理相关职能划入新成立的能源部。
2003年国家电监会成立，开始履行电力市场监管者的职责，共有9个内设机构。
2013年3月，《关于提请审议机构改革和职能转变方案》将现国家能源局、国家电力监管委员会的职责整合，重新组建国家能源局，由国家发展和改革委员会管理；不再保留国家电力监管委员会。
煤炭司
拟订煤炭开发、煤层气、煤炭加工转化为清洁能源产品的发展规划、计划和政策并组织实施，承担煤炭体制改革有关工作，协调有关方面开展煤层气开发、淘汰煤炭落后产能、煤矿瓦斯治理和利用工作。