投标保函的有效期与投标有效期是不同的，一般情况下银行投标保函与后者是不会一致的，而且往往会比后者长，具体是多长时间就要根据工程项目的性质和招标文件的要求来确定，通常为30到180天，如果银行投标保函的有效期比后者短的话，那么银行投标保函是没有效力的。
也就是说银行保函的有效期是要覆盖投标有效期的。深层次的分析就是，投标保函多出投标有效期的那段时间，是给投标方时间来办理履约保函的，那么在这段时间内，银行投标保函的作用其实是暂时代替履约保函的履约担保功能。通常招标文件的规定时：担保方在确认此保函在招标通告中要求的投标截止日期或在此日期后的30天内仍然是有效地，延长投标有效期并不需要通知担保方。许多企业在投标时，办理的投标保函对投标保函有效期重视不足，经常把投标保函的有效期与投标文件的有效期混淆，觉得保函有效期少了30天的现象。
有些企业也经常会遇到投标保函格式的问题，就是如果甲方有自己的格式，但银行为了保障自己的利益会不接受某些条款，会对格式进行修改，此时作为乙方就要跟甲方沟通了，如果甲方坚持不能修改，企业拿银行修改过的投标保函格式去投标，会导致废标，给双方都会造成损失。