委托报关网上业务流程（在进行此项操作前必须先按照网上报关委托业务的流程建立委托关系）：
1．代理报关单录入业务流程：
（1）代理报关单位持“报关单录入持”操作员卡的操作员进入中国电子口岸“报关单录入”界面，在备案数据下载协议的授权范围内下载本委托单位的征免税证明、加工贸易手册或加工区备案清单后，脱机录入报关单数据（数据暂存在本地数据库）。
（2）录入并提交后将录入的报关单数据信息上载到数据中心。
2．代理报关审核申报业务流程：
代理报关单位持“报关单审核申报”权操作员卡的操作员进入中国电子口岸的“报关单审核申报”界面，对报关单的逻辑性、填报的规范性进行审核，确保报关单可以向海关进行申报。则需要将报关单下载本地进行修改，修改后的报关单需重新上载到数据中心，并且需要重新进行审核。审核通过后进入自理报关申报确认业务流程。
3．代理报关申报确认业务流程：
（1）代理报关单位持具“报关单申报确认”持操作员卡的企业管理人员进入中国电子口岸“报关单申报确认”界面，对报关单进行确认申报操作，经“申报确认”后的报关单通过公共数据中心传海关内部网。如果申报确认时认为报关单的填制不符合逻辑，需要将报关单数据下载到本地进行修改，修改完毕之后需要将数据重新上载到数据中心，并且重新进行审核和申报确认。
（2）代理报关单位打印出经海关审核通过的报关单，并携带其他单证去海关办理其他通关手续。