医疗事故技术鉴定不同于医学鉴定，二者可以从本质、诉讼地位等方面进行区分。
（一）二者本质不同
医疗鉴定多注重是否属于医疗事故的认定，是指由医学会组织有关临床医学专家和法医学专家组成的专家组，运用医学、法医学等科学知识和技术，对涉及医疗事故行政处理的有关专门性问题进行检验、鉴别和判断并提供鉴定结论的活动。而医学鉴定，应当是指伤者在医院里的各种检查化验结果和损伤、疾病的诊断证明等内容。
（二）诉讼地位不同
在诉讼活动中，医疗事故技术鉴定是诉讼证据的一种，具有独立的证据作用，而医学鉴定则不是诉讼证据，不具有独立的证据作用。医疗事故技术鉴定可作为医患双方协商解决医疗纠纷的依据，是卫生行政部门处理医疗纠纷案件的法定依据，是卫生行政部门作出行政处罚的法定依据、诉讼中的证据作用（不是必然的定案依据）。医疗事故技术鉴定结论在医疗损害赔偿的诉讼中是证据的一种，在医疗事故的行政处理中也是关键的证据。尽管按照《民事诉讼法》的规定，鉴定结论并不当然是诉讼的证据，需要经过质证才能作为证据适用，但是，由于医学的复杂性和专业性，法官往往直接以鉴定结论作为定案的依据。